东莞市人民检察院于1978年恢复重建（时为县级院），1988年升格为地级市检察院，并于同年设立一个基层检察院（市区人民检察院）。为进一步缓解办案压力，2009年分别在长安镇和塘厦镇增设了第二、第三市区人民检察院，并将原市区人民检察院更名为第一市区人民检察院。由于东莞特殊的行政架构，目前三个基层院均为市检察院的派出机构。基层院虽为副处级单位，但其内设机构与市检察院一样均为正科级设置。
东莞市人民检察院内设机构现经调整后为18个，分别是：第一检察部、第二检察部、第三检察部、第四检察部、第五检察部、第六检察部、第七检察部、第八检察部、第九检察部、检务督察部、案件管理与法律政策研究室、办公室、政治部（机关党委）、检务保障部、司法警察支队、派驻麻涌检察室、派驻虎门检察室、派驻横沥检察室。
